KDM5D図3 KDM5Dノックダウンによるトランスクリプトームへの影響a: KDM5Dのノックダウン、overexpressionによる他のKDM5 familyのmRNA発現量の比較、b: KDM5Dノックダウンにより最も上昇するパスウェイ（上段）と、overexpressionにより最も抑制されるパスウェイのGene Set Enrichment Analysis、c: MCM10, NUF2遺伝子promotor へのKDM5D bindingとH3M4me3ピークシグナル変化のChIP QPCRでの確認。QPCRは独立した3回の実験でのCt値の平均、標準偏差を使用した。*p<0.05evenosserpxeANRmevitl K-2R401C-2R401C-hsP aCNLK-2R401C-2R401C-hsP aCNLK-2R401C-2R401C-hsP aCNLC-2R401K-2R401C-hsP aCNL1#K-hsP aCNL1#K-hsP aCNL1#K-hsP aCNL1#K-hsP aCNLnosserpxeANRmevitaeRnosserpxeANRmevitaeRupnupnupni i i nosserpxe ANRm evitaeRnosserpxe ANRm evitaeRtupni tupni tupni bal lic***i *i lli*lil*tt%%*%%*t%%*KDM5D******KDM5C***KDM5B***KDM5A***aeR*p>0.05**p<0.01p<0.001***IgGKDM5DIgG1.02.51.22.01.00.80.81.50.60.61.00.40.40.50.20.20.0LNCaP-shControlLNCaP-shK#10.0104R2-Control104R2-KDM5D0.02.51.02.00.80.81.50.60.61.00.40.40.20.50.20.00.00.0104R2-Control104R2-KDM5DLNCaP-shControlLNCaP-shK#12.01.51.00.50.01.51.00.50.02.52.01.51.00.50.02.01.51.00.5[0-40][0-270][0-270][0-33][0-33][0-10][0-10][0-250][0-250][0-30][0-30][0-10][0-10]仮説を支持する結果であった。rH2AX、p-RPA2染色でも、KDM5Dノックダウンにより増強していることが確認され、KDM5D欠失によりDNA複製ストレスが発生していることが示唆された（図4a）。同時にトランスクリプトーム解析よりDNAダメージ修復パスウェイの亢進も確認されており、これらの細胞ではシスプラチンなどのDNAダメージ剤の耐性がみられることも明らかとなった（Data not shown）。DNA複製ストレスの発生環境下において、複製フォーク停滞状態からの崩壊を防止するためにATRシグナルの活性化がみられることが知られている4）。これにより複製ストレスからのDNA二重鎖切断によるアポトーシスの発生を予防しており、ATR/CHK1/CDC25C/cyclin B1/CDK1パスウェイP3391.51.00.50.0KDM5D sh-CH3K4me3 sh-CH3K4me3 sh-KH3K4me2 sh-CH3K4me2 sh-KH3K4me1 sh-CH3K4me1 sh-KMCM10KDM5D sh-CH3K4me3 sh-CH3K4me3 sh-KH3K4me2 sh-CH3K4me2 sh-KH3K4me1 sh-CH3K4me1 sh-KNUF2MCM10NUF21.2(minichromosome maintenance 10 replication initiation factor)*(NDC80 kinetochore complex component)LNCaPKDM5D KD104R2ContorlLNCaP-shControlLNCaP-shK#1LNCaP-shControlLNCaP-shK#11. DNA_Replication1. Mitotic_M_M_G1_PhasesLNCaPContorlLNCaPKDM5D KDLNCaPContorl104R2KDM5D 104R2Contorl104R2KDM5D 104R2-Control104R2-KDM5D104R2-Control104R2-KDM5D2. Mitotic_M_M_G1_PhasesNES=2.102=<0.0001p2. DNA_ReplicationNES=-2.200=<0.0001pH3K4me3IgGH3K4me3IgGIgGP1P2P31kb1kb[0-25]P1P2MCM10 P1NUF2Top 2 gene sets positively enriched by knockdown of KDM5D in LNCaP NES=2.175=<0.0001pTop 2 gene sets negatively enriched by overexpression of KDM5D in LNCaP-104R2 NES=-2.212=<0.0001pH3K4me3IgGH3K4me3
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